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宗祖・日蓮大聖人滅後21年、鎌倉時代、1303年（乾元2年）6月7日 – 太夫阿日尊師により建立される。

「富士年表」から
1303年（乾元2年、8月5日から嘉元元年）
太夫阿日尊　岩代に満願寺、下野に浄円寺、下総に富久成寺、武蔵に妙本寺、美濃に正興寺を創す

日尊師（にちぞん、1265年 – 1346年）は、第二祖・日興上人の弟子。 太夫阿闍梨と称する。 

旧本堂は、宝永年間（1704～）に完成している。三師塔は享保15（1730）年10月13日建立。明治45年3月に本堂瓦葺の大掛かりな営繕をしている。石門は大正15年9月建立。

（昭和30年頃の写真）